Правильность местоположения app.desktop нужно определять по маске */applications/*.desktop , т.к. XDG_DATA_DIRS может быть любой.
Как и подкаталог в /applications/.
а каких именно файлов не ловит? в каких пакетах?
(В ответ на комментарий №2) > а каких именно файлов не ловит? /usr/share/kf5/applications/kf5/*.desktop > в каких пакетах? k{f,de}5-*
*** Bug 31915 has been marked as a duplicate of this bug. ***
repocop-unittest-freedesktop-0.20-alt1 -> sisyphus: * Tue Apr 05 2016 Igor Vlasenko <viy@altlinux> 0.20-alt1 - support for kf5 (closes: #31941)
Проще было вместо kde* и kf* один DESKTOPDIR not glob '/usr/share/*/applications*'
пути надо и в других местах прописывать -- если такие появятся, то тест сработает как оповещение.