Судя по процессу обновления, проблема вызвана тем, что sssd-ad обновляется уже после перезапуска sssd:

 44: sssd                                          ################################################################################################### [ 30%]
Stopping sssd service: [ DONE ]
Starting sssd service: [FAILED]
ошибка чтения информации о сервисе sssd-secrets: Нет такого файла или каталога
service: sssd-secrets: Unrecognized service
 45: sssd-krb5-common                              ################################################################################################### [ 31%]
 46: shared-mime-info                              ################################################################################################### [ 31%]
 47: perl-Collectd                                 ################################################################################################### [ 32%]
 48: libbind                                       ################################################################################################### [ 33%]
 49: apt-scripts-nvidia                            ################################################################################################### [ 34%]
 50: altlinux-repos                                ################################################################################################### [ 34%]
 51: libnss-myhostname                             ################################################################################################### [ 35%]
 52: pam_systemd                                   ################################################################################################### [ 36%]
 53: systemd-services                              ################################################################################################### [ 36%]
 54: libnss-mymachines                             ################################################################################################### [ 37%]
 55: udev-hwdb                                     ################################################################################################### [ 38%]
 56: udev                                          ################################################################################################### [ 38%]
Stopping systemd-udevd service: [ DONE ]
Starting systemd-udevd service: [ DONE ]
 57: rpm-macros-alterator                          ################################################################################################### [ 39%]
 58: alterator                                     ################################################################################################### [ 40%]
 59: alterator-doc                                 ################################################################################################### [ 40%]
 60: alterator-lookout                             ################################################################################################### [ 41%]
 61: systemd                                       ################################################################################################### [ 42%]
 62: udev-rule-generator-cdrom                     ################################################################################################### [ 43%]
 63: make-initrd                                   ################################################################################################### [ 43%]
 64: sane                                          ################################################################################################### [ 44%]
 65: apt-conf-branch                               ################################################################################################### [ 45%]
 66: nvidia_glx_common                             ################################################################################################### [ 45%]
 67: bind-utils                                    ################################################################################################### [ 46%]
 68: collectd-openvz                               ################################################################################################### [ 47%]
 69: etersoft-devel-utils                          ################################################################################################### [ 47%]
 70: eterbackup                                    ################################################################################################### [ 48%]
 71: libEGL                                        ################################################################################################### [ 49%]
 72: man-db                                        ################################################################################################### [ 50%]
 73: python3-module-pytest                         ################################################################################################### [ 50%]
 74: collectd-sensors                              ################################################################################################### [ 51%]
 75: curl                                          ################################################################################################### [ 52%]
 76: nss-utils                                     ################################################################################################### [ 52%]
 77: xz                                            ################################################################################################### [ 53%]
 78: vim-minimal                                   ################################################################################################### [ 54%]
 79: libnss-role                                   ################################################################################################### [ 54%]
 80: dnsmasq                                       ################################################################################################### [ 55%]
 81: wpa_supplicant                                ################################################################################################### [ 56%]
 82: usbids                                        ################################################################################################### [ 56%]
 83: sisyphus_check                                ################################################################################################### [ 57%]
 84: rpm-build-compat                              ################################################################################################### [ 58%]
 85: rdiff-backup                                  ################################################################################################### [ 59%]
 86: publicsuffix-list                             ################################################################################################### [ 59%]
 87: pciids                                        ################################################################################################### [ 60%]
 88: nvidia-xconfig                                ################################################################################################### [ 61%]
 89: libudev1                                      ################################################################################################### [ 61%]
 90: libruby                                       ################################################################################################### [ 62%]
 91: libopenjpeg2.0                                ################################################################################################### [ 63%]
 92: libksba                                       ################################################################################################### [ 63%]
 93: icon-theme-hicolor                            ################################################################################################### [ 64%]
 94: icon-theme-adwaita                            ################################################################################################### [ 65%]
 95: etersoft-gpgkeys                              ################################################################################################### [ 65%]
 96: dmidecode                                     ################################################################################################### [ 66%]
 97: alterator-service-functions                   ################################################################################################### [ 67%]
 98: libgio                                        ################################################################################################### [ 68%]
 99: libgstreamer1.0                               ################################################################################################### [ 68%]
100: libnetapi                                     ################################################################################################### [ 69%]
101: glusterfs3-client                             ################################################################################################### [ 70%]
102: libp11-kit                                    ################################################################################################### [ 70%]
103: etcnet                                        ################################################################################################### [ 71%]
104: glib-networking                               ################################################################################################### [ 72%]
105: libgst-plugins1.0                             ################################################################################################### [ 72%]
106: libdconf                                      ################################################################################################### [ 73%]
107: gobject-introspection                         ################################################################################################### [ 74%]
108: libConsoleKit2                                ################################################################################################### [ 75%]
109: pam-ck-connector2                             ################################################################################################### [ 75%]
110: vim-console                                   ################################################################################################### [ 76%]
111: vim-common                                    ################################################################################################### [ 77%]
112: python3-module-html5lib                       ################################################################################################### [ 77%]
113: python3-module-lxml                           ################################################################################################### [ 78%]
114: python-module-html5lib                        ################################################################################################### [ 79%]
115: python-module-lxml                            ################################################################################################### [ 79%]
116: libharfbuzz                                   ################################################################################################### [ 80%]
117: libfreetype                                   ################################################################################################### [ 81%]
118: libp11-kit-trust                              ################################################################################################### [ 81%]
119: etcnet-defaults-server                        ################################################################################################### [ 82%]
120: fontconfig                                    ################################################################################################### [ 83%]
Updating fonts cache: [ DONE ]
121: ConsoleKit2                                   ################################################################################################### [ 84%]
122: gobject-introspection-x11                     ################################################################################################### [ 84%]
123: dconf                                         ################################################################################################### [ 85%]
124: gst-libav                                     ################################################################################################### [ 86%]
125: libsoup                                       ################################################################################################### [ 86%]
126: alterator-net-functions                       ################################################################################################### [ 87%]
127: gstreamer1.0                                  ################################################################################################### [ 88%]
128: libgdk-pixbuf                                 ################################################################################################### [ 88%]
129: libgusb                                       ################################################################################################### [ 89%]
130: samba-client-libs                             ################################################################################################### [ 90%]
131: libwbclient                                   ################################################################################################### [ 90%]
132: libsmbclient                                  ################################################################################################### [ 91%]
133: glusterfs3                                    ################################################################################################### [ 92%]
134: samba-libs                                    ################################################################################################### [ 93%]
135: samba-common-libs                             ################################################################################################### [ 93%]
136: samba-common-tools                            ################################################################################################### [ 94%]
137: samba-winbind                                 ################################################################################################### [ 95%]
138: sssd-pac
...
140: samba                                         ################################################################################################### [ 97%]
141: samba-winbind-clients                         ################################################################################################### [ 97%]
142: samba-client                                  ################################################################################################### [ 98%]
143: sssd-ad                                       ################################################################################################### [ 99%]

Да, я сталкиваля с этой проблемой, нужно теперь её воспроизвести.

(В ответ на комментарий №2)
> Да, я сталкиваля с этой проблемой, нужно теперь её воспроизвести.
А чего воспроизводить?
Сервис перезапустился сразу после обновления пакета, его содержащего. А надо либо добиться, чтобы все плагины вперёд ставились (и у них строгий Requires на EVR есть), либо чтобы перезапуск сервиса шёл в конце транзакции (ну это может вызвать другие проблемы).
Проблема наверняка не новая и уже обсуждалась.
Не вижу сил, которые бы заставили sssd-ad обновиться прежде sssd.

Есть ещё одно решение - не перезапускать sssd после обновления. Это вариант, как с ядром - не трогать пока не потребуется. А потребуется оно либо вручную, либо после перезагрузки.

Отправил соответствующую тестовую сборку в сизиф:
#192290 BUILDING #1 [locked] [test-only] sisyphus sssd.git=1.15.3-alt4%ubt

sssd-1.15.3-alt5.S1 -> sisyphus:

Tue Nov 21 2017 Evgeny Sinelnikov <sin@altlinux> 1.15.3-alt5.S1
- Don't restart sssd services until reboot or manual restart (ALT #34054)