У нас sqlite3 собран с поддержкой загрузки расширений, а apsw по умолчанию устроен так, что не поддерживает её при сборке с системным sqlite.
Включить можно добавлением параметра к setup.py:
--enable=load_extension

Например:
--- a/python-module-apsw.spec
+++ b/python-module-apsw.spec
@@ -51,11 +51,11 @@ find ../python2 -name '*.py' | xargs sed -i '1s|^#!python|#!%{__python}|'
 find . -name '*.py' | xargs sed -i '1s|^#!python|#!%{__python3}|'
 
 %build
-%python3_build
+%python3_build --enable=load_extension
 
 %if_with python2
 pushd ../python2
-%python_build
+%python_build --enable=load_extension
 popd
 %endif


Эта функциональность необходима для новой версии calibre 5.x