Содержимое файла /etc/modprobe.d/vbox-guest-additions в пакете virtualbox-guest-additions-2.0.4-alt1 не является правильным файлом конфигурации для modprobe, что вызывает сообщения об ошибках при любых вызовах modprobe (см., например, https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=18277#c0).

Судя по содержимому этого файла, предполагалось обеспечить загрузку модулей vboxadd и vboxvfs в процессе загрузки системы. Однако в настоящий момент отсутствует место, куда бы пакет мог добавить файл со списком нужных ему модулей (есть только файл /etc/modules, в который вряд ли стоит автоматически что-то дописывать). Можно добавить скрипт в /etc/init.d, который будет вызывать modprobe при запуске.