has("python") возвращает ложь, все написанные на python расширения не работают.

Например, автодополнение (omniciompletion):
Error: Required vim compiled with +python                     
E117: Неизвестная функция: pythoncomplete#Complete
Press ENTER or type command to continue


Мне кажется, в этом виноват следующий код из src/configure.in (lines 658-669):

AC_CACHE_CHECK(Python's configuration directory,vi_cv_path_python_conf,
[
  vi_cv_path_python_conf=
  for path in "${vi_cv_path_python_pfx}" "${vi_cv_path_python_epfx}"; do
    for subdir in lib share; do
      d="${path}/${subdir}/python${vi_cv_var_python_version}/config"
      if test -d "$d" && test -f "$d/config.c"; then
        vi_cv_path_python_conf="$d"
      fi
    done
  done
])

Поскольку проверяется только lib и share, /usr/lib64/python2.5/config не находится, и сборка продолжается без питона.