1. Переход между какими версиями вызвал данный эффект?

2. Прописаны ли данные симлинки в /etc/httpd2/conf/*-start.d/*.conf?

1. Переход между какими версиями вызвал данный эффект?

4.1.0 -> branch 4.1 -> branch 5.0

2. Прописаны ли данные симлинки в /etc/httpd2/conf/*-start.d/*.conf?
Вы правы - нет - симлинки сделаны через ln -s ...
Как я понимаю - идеологически правильно это делать через
a2en..., но и в с ним есть ряд вопросов

1. a2enmod mod_php5
работает корректно (symlink появляется, файл  mods-start.d/mod_php5 появляется), но похоже некорректно залинковано не только у меня

Судя по всему в Школьном сервере 4.1 та же проблема -
при обновлении до 5.0 симлинк теряется -   http://forum.altlinux.org/index.php/topic,1590.new.html

2. a2ensite vhosts 
symlink формирует, но в sites-start.d/000-default.conf остается описатель
vhosts=no
Править его вручную?

(В ответ на комментарий №2)
> 1. Переход между какими версиями вызвал данный эффект?
> 
> 4.1.0 -> branch 4.1 -> branch 5.0
> 
> 2. Прописаны ли данные симлинки в /etc/httpd2/conf/*-start.d/*.conf?
> Вы правы - нет - симлинки сделаны через ln -s ...
> Как я понимаю - идеологически правильно это делать через
> a2en..., но и в с ним есть ряд вопросов

  Не факт что поможет (см. /usr/share/doc/apache2-*/README.ALT.ru_RU.KOI8-R): при обновлении запускается a2chkconfig, и состояние симлинков приводится к заданому через /etc/httpd2/conf/*-start.d/*.conf. Т. е. если при обнавлении приползёт какойнибудь /etc/httpd2/conf/*-start.d/*.conf требующий удалить существующий симлинк -- он юудет удалён, если его наличие небужет требовать болие приоритетный (с большим номером) /etc/httpd2/conf/*-start.d/*.conf.

> 
> 1. a2enmod mod_php5
> работает корректно (symlink появляется, файл  mods-start.d/mod_php5
> появляется), но похоже некорректно залинковано не только у меня

  Если мне неизменяет мой склероз, то раньше apache2-mod_php5 (тот, на который я смотрел) данный механизм не использовался: модуль загружался явным образом в устанавлеваемом конфиге. Как сделано сейчас -- не знаю.

> 
> Судя по всему в Школьном сервере 4.1 та же проблема -
> при обновлении до 5.0 симлинк теряется -  
> http://forum.altlinux.org/index.php/topic,1590.new.html
> 
> 2. a2ensite vhosts 
> symlink формирует, но в sites-start.d/000-default.conf остается описатель
> vhosts=no
> Править его вручную?

  Нет: достаточно создать что-то типа sites-start.d/900-my.conf (с заведомо большим номером) со строкой "vhosts=yes", он данную настройку перекроет (см. /usr/share/doc/apache2-*/README.ALT.ru_RU.KOI8-R).

(В ответ на комментарий №3)
...
>   Нет: достаточно создать что-то типа sites-start.d/900-my.conf (с заведомо
> большим номером) со строкой "vhosts=yes", он данную настройку перекроет (см.
> /usr/share/doc/apache2-*/README.ALT.ru_RU.KOI8-R).

  Штатный способ сохранить нужные симлинки -- прописать их в соответствующим файле *-start.d/900-my.conf (предварительно создав его).