нет. Это не ошибка. И apt и соотв. средства управления им позволяют подключать несколько репозитариев. Данные репозитарии не идентичны.

"Desktop 5.0" и "Desktop 5.0 с дополнениями" отличаются компонентами.
"Branch 5.0" два раза ибо там две архитектуры. Средство которым вы пользовались для второго скриншота - ошибочно отображает информацию о sources.list ;)

P.S. Вообще не советую пользоваться synaptic для редактирования sources.list ибо оно их портит (добавляет проблелы в конце строк и на каждое нажатие apply добавляет пустую строку в конце файла).

(В ответ на комментарий №1)
> нет. Это не ошибка. И apt и соотв. средства управления им позволяют подключать
> несколько репозитариев. Данные репозитарии не идентичны.

Те репозитарии, которые в списке Альтератора, не идентичны. Однако, после применения сначала Синаптика (или ручной правки), а потом Альтератора, оказались раскомментироваными абсолютно ИДЕНТИЧНЫЕ репозитарии (второй скриншот, могу для верности и grep "^rpm" привести). То есть Альтератор не проверяет, что уже есть в списке, а просто тупо добавляет туда свои строчки.

(В ответ на комментарий №2)
> (В ответ на комментарий №1)
> > нет. Это не ошибка. И apt и соотв. средства управления им позволяют подключать
> > несколько репозитариев. Данные репозитарии не идентичны.
> 
> Те репозитарии, которые в списке Альтератора, не идентичны. Однако, после
> применения сначала Синаптика (или ручной правки), а потом Альтератора,
> оказались раскомментироваными абсолютно ИДЕНТИЧНЫЕ репозитарии (второй
> скриншот, могу для верности и grep "^rpm" привести). То есть Альтератор не
> проверяет, что уже есть в списке, а просто тупо добавляет туда свои строчки.

alterator не обучен тупо добавлять строчки он расскоментирует/закоментирует имеющиеся.

Не исключаю, что синаптик добавляет в результате строчки и в закомментированном и в раскомментированном виде одновременно.