Подтверждаю. После какого-то недавнего обновления (дня 4 назад) gsynaptics стал применять какую-то неадекватную конфигурацию при входе в сессию. Пришлось пристрелить. (с)

Покажите вывод 'synclient -l' до и после запуска gsynaptics.

Created attachment 3807 [details]
до установки и запуска gsynaptics

до установки и запуска gsynaptics

Created attachment 3808 [details]
после установки и запуска gsynaptics

после установки и запуска gsynaptics

(В ответ на комментарий №2)
> Покажите вывод 'synclient -l' до и после запуска gsynaptics.

см приложенные файлы.

Да, вижу, где аффторы посадили багу. Проверьте, пожалуйста, в какой мере исправляет ситуацию такая команда:
$ synclient MinSpeed=0.25 MaxSpeed=0.7

У меня то же самое: MinSpeed, MaxSpeed и AccelFactor сбрасываются в ноль.

(В ответ на комментарий №6)
> Да, вижу, где аффторы посадили багу. Проверьте, пожалуйста, в какой мере
> исправляет ситуацию такая команда:
> $ synclient MinSpeed=0.25 MaxSpeed=0.7

работать начинает.

Гипотеза: у вас обоих русская локаль, и gsynaptics использует в качестве десятичного разделителя запятую, а synclient ожидает точку (и вместо 0,25 съедает только 0).

Чтобы проверить, попробуйте воспользоваться
$ LC_ALL=en_US.UTF-8 gsynaptics

(В ответ на комментарий №9)
> Гипотеза: у вас обоих русская локаль, и gsynaptics использует в качестве
> десятичного разделителя запятую, а synclient ожидает точку (и вместо 0,25
> съедает только 0).
> 
> Чтобы проверить, попробуйте воспользоваться
> $ LC_ALL=en_US.UTF-8 gsynaptics

угу.
очень похоже именно так.
во всятком случае теперь данные не 0 а 
MinSpeed                = 0.25

(В ответ на комментарий №9)
> Гипотеза: у вас обоих русская локаль, и gsynaptics использует в качестве
> десятичного разделителя запятую, а synclient ожидает точку (и вместо 0,25
> съедает только 0).
> 
> Чтобы проверить, попробуйте воспользоваться
> $ LC_ALL=en_US.UTF-8 gsynaptics

только мне это напоменает венду (рус и анг) и способ хранения данных ( даты в частности) и какое нить хранение данных, например msaccess

(В ответ на комментарий №9)
> Гипотеза: у вас обоих русская локаль, и gsynaptics использует в качестве
> десятичного разделителя запятую, а synclient ожидает точку (и вместо 0,25
> съедает только 0).
> 
> Чтобы проверить, попробуйте воспользоваться
> $ LC_ALL=en_US.UTF-8 gsynaptics
Ну да, работает :) Забавная ошибка.

gsynaptics-0.9.16-alt2 -> sisyphus:

* Tue Sep 01 2009 Alexander Myltsev <avm@altlinux> 0.9.16-alt2

- Fix a bug with locale-dependent float formatting (closes #21312).

Замечу, что gsynaptics скоро будет obsolete (поэтому и патч в пакете — самый простой, какой можно было придумать). Кто-нибудь добродетельный должен собрать gpointing-device-settings.