x86_64?

нет, i586

У Вас старый python-module-pygoogle. Попробуйте обновиться до 
0.6-alt0.3.

Если не поможет, нужно попробовать пересобрать protobuf, сообщите, если что, соберу.

Похоже у вас локальная проблема. MyPaint запускается и работает на двух живых машинах со свежим сизифом. Установленный в пустой контейнер тоже работает, то есть с зависимостями порядок.

обновил до python-module-pygoogle-0.6-alt0.3
проблема осталась. Это воспроизводится и у vvk@
Если работает в пустом контейнере, то тогда действительно проблема локальная. интересно в чем.

"mypaint-0.8.0-alt1"

Дайте ссылку на git.alt этой штуковины.

PS. Надеюсь, оно собиралось из git, а не из srpm? Если второе, я не участвую.

Судя по всему мейнтейнер не использует git, но все равно gear-репо есть:
git://git.altlinux.org/srpms/m/mypaint.git

В общем, написал скриптик, чтобы прогонял через strace, брал все open вызовы и получал по этим файлам список пакетов, который зайдествованы в запуске mypaint. Стал обновлять по одному. после обновления до
python-module-pygtk 2.17.0-alt3
а вместе с ним по зависимостям
python-module-pygtk-libglade 2.17.0-alt3

mypaint запустился.

интересно, почему так влиял pygtk.
Нужно поставить более жесткую зависимость на этот пакет

(In reply to comment #8)
> 
> mypaint запустился.
> 
> интересно, почему так влиял pygtk.
> Нужно поставить более жесткую зависимость на этот пакет

Не нужно. Обновляйтесь как следует.

Всех не заставишь. Я уже говорил, что мейнтейнеров много, и многие не слушают чужие рекомендации (как то обновлять _ключевые_ пакеты вслед да NumPy, если он как-то с ним связан). Я всё не могу поймать момент, чтобы составить такой список: слишком разные целевые группы, слишком неопределённо, но определённо немалое количество.