Коль, на сколько мы с Ленаром поняли, твой вариант позволяет запускать этот скрипт только когда пользователь входит в систему через X-ы.
Может сделаем более общесистемно и этот скрипт поместим например в /etc/profile.d/* ?
Мне кажется это будет более прямо... Что скажешь?
shrek@?

Посмотрел как сделано в Fedora и Runtu.
У них скрипт запускается только при входе через графику. При подключении через ssh, каталогов не создается.
Сделаем как у всех, или пойдем по своему пути самураев?

xdg-user-dirs-0.13-alt2 -> sisyphus:

* Sun Feb 13 2011 Radik Usupov <radik@altlinux> 0.13-alt2
- changed the default user directories
- changed packager
- use locale instead of utf (thanks thresh@!)
- added xdg-user-dirs.sh script (thanks thresh@!) (Closes: 23975)
- added control (thanks ender@!)