Caught Segmentation fault, dumping stack:
0 rtorrent() [0x410e7a]
1 rtorrent() [0x42c701]
2 /lib64/libc.so.6(+0x31750) [0x7f583ad34750]
3 /lib64/libpthread.so.0(pthread_kill+0) [0x7f583aaf2e90]
4 rtorrent() [0x42c836]
5 rtorrent() [0x4751f5]
6 rtorrent() [0x47596b]
7 /usr/lib64/libtorrent.so.13(_ZN7torrent9PollEPoll7performEv+0x9b)
[0x7f583be5c991]
8 rtorrent() [0x42c9f9]
9 /lib64/libpthread.so.0(+0x68fa) [0x7f583aaed8fa]
10 /lib64/libc.so.6(clone+0x6d) [0x7f583adcf82d]

Это происходит при попытке подключения к нему через SCGI (apache2 +
mod_scgi + wtorrent).

Помогла ручная пересборка из исходников.
Пересоберите пакет заново пожалуйста.