Начиная с версии 5.3.8.20110823-alt2 в Sisyphus и p6 необходимость в extension_dir в конфигурационном файле отсутствует - правильный extension_dir вкомпилирован в PHP. Точнее говоря, необходимость отсутствует уже давно, в последней сборке я закомментировал умолчание для extension_dir, чего и вам советую сделать.

С extension_dir понятно, спасибо. А по поводу include_path что ? Он остался ракомментированный и, тоже, содержит версию.

(В ответ на комментарий №2)
> С extension_dir понятно, спасибо. А по поводу include_path что ? Он остался
> ракомментированный и, тоже, содержит версию.

Да, уже очень утомило следить и при каждом обновлении конфиг править
С другой стороны, строка такая примерно:
include_path = "./:/usr/lib64/php/:/usr/lib64/php/5.3.10/:/usr/share/php/pear/:/usr/share/php/modules/:/usr/share/php/5.3.10/modules/"

Зачем там /usr/lib64/php/5.3.10/, не ясно, вроде отродясь туда ничего не клали, и класть смысла нет.
Есть /usr/share/php/5.3.10/modules/", но там всегда пусто, и вполне достаточно имеющейся /usr/share/php/modules/

Может надо подсократить версионные каталоги? Ну или хотя бы тоже сделать include_path по умолчанию и закомментированной? А буратины пусть раскомментируют и пишут что хотят :)

Как-то вот в Debian вполне достаточно закомментированной
;include_path = ".:/usr/share/php"

Закомментировать по умолчанию - хорошая идея. В 5.4 так и сделаем.

(In reply to comment #1)

> в последней сборке я закомментировал умолчание для extension_dir, чего и вам
> советую сделать.

Это только Сизифа касается ? Приехал php5 5.3.18.20121017-alt0.M60P.1.1:

cgi/php.ini - раскомментировано

В остальных - как обещалось:
apache-mod_php/php.ini - закомментировано
cli/php.ini - закомментирвано

До кучи, date.timezone тоже можно не задавать, в расчёте на системную ?

CGI ещё кто-то пользуется ? Я его вообще планировал удалить - php5-fpm-fcgi на порядок продуктивнее и удобнее.

С date.timezone - надо заглянуть в исходники. Есть ощущение, что PHP не любит системную - некоторые приложения сильно недовольны отсутствием date.timezone в конфигурационном файле.

(In reply to comment #6)

> CGI ещё кто-то пользуется ? Я его вообще планировал удалить - php5-fpm-fcgi на
> порядок продуктивнее и удобнее.

Не знаю, я просто проверил всё, что пришло в обновлении.

До сих пор в путях зачем-то полная версия, приходится править при каждом обновлении:
# grep /etc/php/5.5/apache2-mod_php/php.ini
include_path = "./:/usr/lib/php/:/usr/lib/php/5.5.17/:/usr/share/php/pear/:/usr/share/php/modules/:/usr/share/php/5.5.17/modules/"

будет убрано в 5.5.21

закрываю. если не поможет после 5.5.21 - переоткройте плз