Как и подкаталог в /applications/.

а каких именно файлов не ловит?
в каких пакетах?

(В ответ на комментарий №2)
> а каких именно файлов не ловит?
/usr/share/kf5/applications/kf5/*.desktop

> в каких пакетах?
k{f,de}5-*

*** Bug 31915 has been marked as a duplicate of this bug. ***

repocop-unittest-freedesktop-0.20-alt1 -> sisyphus:

* Tue Apr 05 2016 Igor Vlasenko <viy@altlinux> 0.20-alt1
- support for kf5 (closes: #31941)

Проще было вместо kde* и kf* один
DESKTOPDIR not glob '/usr/share/*/applications*'

пути надо и в других местах прописывать --
если такие появятся, то тест сработает
как оповещение.