Похоже, эта же проблема возникает у пользователей при обновлении с p8 до Sisyphus. Вспоминается, например вот этот тред:

https://lists.altlinux.org/pipermail/sisyphus/2018-November/367288.html

Хотя само письмо про apt, изначально проблема была в том, что после обновления до Сизифа на системе с установленным openntpd перестало синхронизироваться время:

https://lists.altlinux.org/pipermail/sisyphus/2018-November/367301.html

Решение проблемы есть, а вот отклика тех, кто в ACL пакета, так и нет.
ldv@ и glebfm@ отзовитесь, пожалуйста.

(В ответ на комментарий №2)
> Решение проблемы есть, а вот отклика тех, кто в ACL пакета, так и нет.
> ldv@ и glebfm@ отзовитесь, пожалуйста.

ldv и glebfm очень заняты сейчас. Соберите пакет, его же надо тестировать.

Блокер для выпуска сборок на "слабых" системах.

(В ответ на комментарий №3)
> (В ответ на комментарий №2)
> > Решение проблемы есть, а вот отклика тех, кто в ACL пакета, так и нет.
> > ldv@ и glebfm@ отзовитесь, пожалуйста.
> 
> ldv и glebfm очень заняты сейчас. Соберите пакет, его же надо тестировать.

Хорошо, соберу.

[#221113] EPERM openntpd.git=3.9p1-alt14

Проверил. Проблем с загрузкой, если сети нет, не создаёт, но и синхронизацию времени не проводит, если сеть появляется позже. Время будет нормально синхронизироваться при загрузке, если воткнут сетевой кабель, или настроено подключение по wi-fi для всех пользователей. До этого синхронизировалось только при перезапуске сервиса ntpd и доступной сети.

Так что можно считать, что проблему устраняет. Потому прошу пропустить задание 221113.

openntpd-3.9p1-alt14 -> sisyphus:

Sat Feb 09 2019 Anton Midyukov <antohami@altlinux> 3.9p1-alt14
- Fix ntpd.service (Closes: 35979)