Отмечу, что если в качестве init используется systemd, то всё хорошо -- файл удаляется при запуске systemd-usersessions (и создаётся заново при остановке).

Однако вариант работы с разными init'ами при установленном пакете systemd раньше вроде рассматривался с прицелом на "экспериментаторов", так что я решил повесить.

Возможны 2 варианта:
1) научить sysvinit удалять этот файл.
2) перенести /lib/tmpfiles.d/systemd-nologin.conf куда-нибудь, что бы была возможность не ставить в систему. Но /lib/tmpfiles.d/systemd-nologin.conf нужен для systemd, т.е. его придется ставить так или иначе.

Если хочется иметь выбор init при загрузке, то устроит только первый вариант.
Лучше перевесить багу на соответствующий пакет.