Пакет systemd содержит файл /lib/tmpfiles.d/systemd-nologin.conf, который создаёт файл /run/nologin. Если при загрузке используется sysvinit, этот файл никто не удаляет, и никому кроме root'а в систему войти не удаётся.
Отмечу, что если в качестве init используется systemd, то всё хорошо -- файл удаляется при запуске systemd-usersessions (и создаётся заново при остановке). Однако вариант работы с разными init'ами при установленном пакете systemd раньше вроде рассматривался с прицелом на "экспериментаторов", так что я решил повесить.
Возможны 2 варианта: 1) научить sysvinit удалять этот файл. 2) перенести /lib/tmpfiles.d/systemd-nologin.conf куда-нибудь, что бы была возможность не ставить в систему. Но /lib/tmpfiles.d/systemd-nologin.conf нужен для systemd, т.е. его придется ставить так или иначе. Если хочется иметь выбор init при загрузке, то устроит только первый вариант. Лучше перевесить багу на соответствующий пакет.