Зря. В Sisyphus то же самое: без бита выполнения.

Собрал и установил себе в P9 bubblewrap и flatpak из сизифа.
С установленным битом -- в баше подхватывается, но KDE при загрузке вылетает с segfault.

Без установленного бита -- KDE грузится как всегда, XDG_DATA_DIRS установлен в дефолт:
```
$ echo $XDG_DATA_DIRS
/usr/share/kf5:/usr/share:/var/lib/flatpak/exports/share
```
XDG_DATA_HOME отсустсвует.

Если что, 250707 EPERM #2 p9 bubblewrap.git=0.4.1-alt1 flatpak.git=1.6.3-alt1 srpm=flatpak-builder-1.0.10-alt1.1.src.rpm

Установил flatpak в p9 из задания 250707.

При запуске любых приложений возникает ошибка "bwrap: execvp gnome-calculator: No such file or directory":

$ flatpak run org.gnome.Calculator

Note that the directories 

'/var/lib/flatpak/exports/share'
'/home/test/.local/share/flatpak/exports/share'

are not in the search path set by the XDG_DATA_DIRS environment variable, so
applications installed by Flatpak may not appear on your desktop until the
session is restarted.

bwrap: execvp gnome-calculator: No such file or directory

Без задания (т.е. на текущем flatpak в p9) поведение аналогичное.

Проверял на ALT Workstation K 9.0 (RC2) и ALT Workstation 9.0

Содержимое переменной XDG_DATA_DIRS:
1. На KDE: /usr/share/kf5:/usr/share:/var/lib/flatpak/exports/share
2. На MATE: пусто

*** Bug 39920 has been marked as a duplicate of this bug. ***

Я тут увидел, что генератор неправильно запакован.
Надо переместить /usr/lib/systemd/system-environment-generators/60-flatpak-system-only
в /lib/systemd/system-environment-generators.

(Ответ для Alexey Shabalin на комментарий #6)
> Я тут увидел, что генератор неправильно запакован.
> Надо переместить
> /usr/lib/systemd/system-environment-generators/60-flatpak-system-only
> в /lib/systemd/system-environment-generators.

Предлагаемый /lib/systemd/system-environment-generators должен принадлежать systemd? Как и 

$ rpm -qf /lib/systemd/system-generators
systemd-249.3-alt1.x86_64

(Ответ для Yuri N. Sedunov на комментарий #7)
> (Ответ для Alexey Shabalin на комментарий #6)
> > Я тут увидел, что генератор неправильно запакован.
> > Надо переместить
> > /usr/lib/systemd/system-environment-generators/60-flatpak-system-only
> > в /lib/systemd/system-environment-generators.
> 
> Предлагаемый /lib/systemd/system-environment-generators должен принадлежать
> systemd? Как и 
> 
> $ rpm -qf /lib/systemd/system-generators
> systemd-249.3-alt1.x86_64

Да, будет принадлежать. Готовлю обновление.

Note that the directories 

'/var/lib/flatpak/exports/share'
'/home/anamevi/.local/share/flatpak/exports/share'

are not in the search path set by the XDG_DATA_DIRS environment variable, so
applications installed by Flatpak may not appear on your desktop until the
session is restarted.

Ошибка возникает только в wayland сессии kde plasma 5 на Alt Regular Kde. На X11 проблем нет.

Мешает тем, что флатпак приложения не добавляются в меню kde (пропадают оттуда при переключении на wayland) и не отбражаются в папке /home/anamevi/.local/share/flatpak/
При этом приложения спокойно запускаются коммандой flatpak run, настраиваются через настройки kde и flatseal.

Поставил GNOME, второй оболочкой, там проблемы нет

(Ответ для AlekseyViS на комментарий #10)
> Поставил GNOME, второй оболочкой, там проблемы нет

Выясните почему именно "в wayland сессии kde plasma 5 на Alt Regular Kde" не работает и повесте на kde. Эта бага давно исправлена.

(Ответ для Yuri N. Sedunov на комментарий #11)
> (Ответ для AlekseyViS на комментарий #10)
> > Поставил GNOME, второй оболочкой, там проблемы нет
> 
> Выясните почему именно "в wayland сессии kde plasma 5 на Alt Regular Kde" не
> работает и повесте на kde. Эта бага давно исправлена.

Всё верно. В kde5 wayland не выполняются скрипты из /etc/profile.d/

На kde plasma 5 проблема решилась установкой sddm вместо lightdm.

Решение помогло найти https://bugzilla.altlinux.org/40910