Исправление этого есть в TODO у разработчиков, однако это все же бага апта, а не
самого синаптика (поэтому не знаю как разработчики собираются это фиксить).

Суть в том, что метод ftp в апте для определения того, что надо использовать
http-прокси проверяет только значение переменной ftp_proxy, и если используется
http-прокси, то он вместо себя запускает метод http. По-хорошему, метод ftp
должен проверять также настройки в конфиге апта, но как это сделать корректно -
не знаю, т.к. метод ftp запускается отдельным процессом и не имеет доступа к уже
прочитанной конфигурации (причем, возможно, с некоторыми значениями,
переопределенными в командной строке)

*** Bug 6899 has been marked as a duplicate of this bug. ***

Недавно сделал alterator-proxy -- надеюсь, это будет ответом :)

(In reply to comment #3)
> Недавно сделал alterator-proxy -- надеюсь, это будет ответом :)
А куда он сохраняет конфигурацию? Ибо от обычного юзера не сохраняется.

От рута -- в /etc/profile.d/proxy.sh; а куда предложишь от пользователя?  Я
подумал в ~/.xsession.d/proxy.sh, но решил, что это будет слишком хорошим
"нечестным" решением.  Или покатит?

Я вообще смотрю сейчас пользовательские настройки отдельный вещей в Alterator убрали. Даже индивидуального перечня языков установить не могу. Да и локаль отдельную выбрать негде.
Положить в ~/.xsession.d/proxy.sh думаю было-бы нормально и вообще его нужно делать пользовательским поскольку иначе личные настройки proxy пользователя становятся общими.

И непорядок с настройками не http протоколов нужно-бы исправить:
[root@roman sources.list.d]# env | grep proxy
http_proxy=http://roman:pass@server.diya.org:3128
ftp_proxy=ftp://roman:pass@server.diya.org:3128
https_proxy=https://roman:pass@server.diya.org:3128

С такими настройками apt с репозиториями на ftp не работает.

(В ответ на комментарий №6)
> Я вообще смотрю сейчас пользовательские настройки отдельный вещей в Alterator
> убрали. Даже индивидуального перечня языков установить не могу.
Это было связано с потерей возможности (изначально предполагавшейся) запускать его и от пользователя; некоторое время тому она была восстановлена, см. bug #23377.