В связи с тем, что настройки раскладки пользователя 
во многих дистрибутивах сохраняются в ~/.Xkbmap 
(общесистемная настройка хранится в /etc/X11/xinit/Xkbmap), 
предлагаю перейти на использование Xkbmap (который содержит 
параметры для вызова команды setxkbmap) вместо использования 
доморощенного ~/.xkb