В связи с тем, что настройки раскладки пользователя во многих дистрибутивах сохраняются в ~/.Xkbmap (общесистемная настройка хранится в /etc/X11/xinit/Xkbmap), предлагаю перейти на использование Xkbmap (который содержит параметры для вызова команды setxkbmap) вместо использования доморощенного ~/.xkb
давно сделано.
