По умолчанию, встроеная команда %patch вызывает программу patch c аргументом -s (silent), что подавляет вывод имен пропатченых файлов, а также все предупреждения о hunk'ах, fuzz'ах и прочем. В итоге при сборке мэйнтейнер этого не видит. Я предлагаю, чтобы patch вызывался без ключа -s и тогда мэйнтейнер будет иметь больше информации о процессе наложения патчей.
Было бы неплохо в дополнение к этому собирать все эти варнинги и выводить в конце сборки, как сейчас это происходит с rpm warnings. Но это конечно вообще было бы "в шоколаде".
Changed default %patch behaviour in 4.0.4-alt69.