Нужные параметры выставляются в конфигурационных файлах.
$MYHOME - в /etc/amavis/conf.d/10-daemon
а @config_files - /etc/init.d/amavisd
При штатном запуске через service все работает без патча.

Абсолютно с Вами согласен.
Не смею навязывать свою точку зрения, но видимо имеет смысл
- либо убрать этот патч из исходников, за ненадобностью и дабы не вводить никого
в заблуждение;
- либо исправить его так, чтобы он прикладывался.
Хочу отметить, что с моей точки зрения второй вариант более правильный, т.к.
приводит к тому, что значения переменных по умолчанию соответствуют используемым
в дистрибутиве.