Текущий пакет дублирует пункты в меню. Судя по всему из-за наличия в пакете 
menu и desktop файлов одновременно. Если наличие (устаревшего) меню-файла 
критично (например для сборки пакета в окружении Компакта 3.0), то предлагаю 
внести в spec такую конструкцию:
В секцию %files 

%ifdef _desktopdir
%_desktopdir/*
%else
%_menudir/*
%endif

Это позволит на этапе сборки ложить в пакет нужный файл

PS: %_datadir/applications/* нужно убрать - вместо него 
используется %_desktopdir/*