Файл /etc/xdg/autostart/beagle-search-autostart.desktop не содержит поля Type (должно быть Type=Application), поэтому не загружается автоматически в KDE. В других DE не проверял.
Я попробовал добавить Type=Application, но ничего не изменилось (в KDE не стартует). KDE воспринимает только /usr/share/autostart.
У меня через /etc/xdg/ тоже не работало. Но не работало и через ~/Autostart, пока не добавил Type=
проверьте в новой версии. Для KDE используйте kerry (новая версия отправлена в сизиф)