при создании образа spt не использует в профиле COPYPONLY репозитарий repo, который создаётся в рабочем каталоге. в итоге не удаётся докладывая пакеты в repo/x86_64/RPMS.hasher/ получить образ с этими пакетами. Воспроизводится на "ура", выкладыванием новой версии пакета и прописыванием его в компоненте с COPYONLY=1
Директории aptbox и repo в инструментальном чруте не должны использоваться. Это служебные директории. Для правильной работы COPYONLY требуется чистый aptbox (по понятным причинам), поэтому aptbox инструментального чрута не годится. В 0.5.0-alt1-g7110d76 директория repo больше "не создаётся". Чтобы в spt использовать дополнительные пакеты наряду с репозиториями, нужно пользоваться опцией --apt-config.