В x86_64 переименовать qemu-system-x86_64 в просто qemu, а текущий qemu в qemu-system-x86. Долго не мог понять почему по вызову qemu вызывается 32-x разрядная версия, пока не понял, что есть ещё qemu-system-x86_64.
fixed in 0.9.0.cvs20070402-alt8