Как видно из /etc/chroot.d/ldap.conf, в чрут копируются только slapd*.conf. При этом в документации не прописано явно подобное поведение. config-README.ALT вообще выглядит как TODO :) Предлагаю либо копировать все конфиги (*.conf) либо чётко прописать в документации этот момент.
Это ещё актуально?
> Это ещё актуально? А что, разве в сизифе появлялся какой-то новый slapd, в котором это исправлено?
To package maintainer.
fixed in 2.3.38-alt1