Если установлена локаль 1251 и выполняется экспорт в LaTeX файла LyX, не имеющего прописанной явно кодировки, то в экспортируемом файле всё равно прописывается \\usepackage [koi8-r]{inputenc} хотя файл, естественно, имеет кодировку в соответствии с локалью. Правильнее был бы экспорт в текущую локаль, если в файле нет данных о кодовой странице --- ---
В версии 1.5.0b1 программа lyx теперь по-умолчанию конвертирует файл с русскими буквами в файл latex с кодировкой koi8-r и отмечает, что используется кодировка koi8-r. При экспорте в cp1251 кодировка файла и отметка меняется на cp1251. Так что вроде бы ошибки как таковой нет (кодировка файла и отметка языка совпадают), но в системе с локалью CP1251 по-умолчанию всё равно генерится текст KOI8-R (и кодировка файла, и кодировка языка). Наверное, ошибка теперь не имеет особого смысла.