В данный момент по крайней мере в Сизифе лежат одновременно design-bootspash-desktop и design-bootsplash-system-desktop; аналогично, design-bootloader-master и design-bootloader-system-master. Пакеты внутри каждой пары конфликтуют по файлам, но конфликт не прописан в них самих. Какой-то из них должен явно быть выброшен, а во втором проставлена пара Obsoletes:/Provides: на первый для безболезненности апгрейда пакетов.
Пакетов -system- в репозитории больше нет. Пакета design-bootloader-master, впрочем, уже тоже.