В данный момент (fglrx_glx-8.38.6-alt1) пакет содержит скрипт /usr/libexec/X11/drvpre.d/fglrx. Не знаю, чему служит именно drvpre.d, но x11setupdrv в него определённо не заглядывает, соответственно, при наличии /usr/libexec/X11/drv.d/x11 вызов x11setupdrv приводит к установке симлинков сообразно x11 даже когда я использую fglrx_glx. Просьба либо перенести, либо скопировать /usr/libexec/X11/drvpre.d/fglrx в /usr/libexec/X11/drv.d/
Ошибка исправлена в 8.40.4-alt2. Закрываю.