у меня есть два интерфейса
tap0
tap1
с 
ONBOOT=yes
TYPE=tuntap

при загрузке поднимается только второй.
при рестарте оба.

/var/log/daemons/info:Aug 31 07:55:33 breeze /etc/net: ERROR:
/etc/net/scripts/create-tuntap: tuntap control node does not exist 

cat /etc/net/scripts/create-tuntap:
...
if  [ ! -c /dev/net/tun ]; then
    $MODPROBE tun || {
        print_error "tuntap kernel module not found"
        exit 1
    }
##############################
очевидно проблема в этом месте.
tun уже загружен, но /dev/net/tun еще не появился.
надо что-то вроде
+   [ -c /dev/net/tun ] || usleep 50000
или еще лучше несколько раз в цикле.
##############################
    [ -c /dev/net/tun ] || {
        print_error "tuntap control node does not exist"
        exit 1
    }
fi
...