гм. так задумано, поскольку
/usr/share/X11/$LANG/app-defaults/XXkb не отслеживает xorg.conf.
у меня LANG=ru_RU.CP1251
и
Option      "XkbLayout" "us,ru,ua"
т.е. пользователи 3язычных раскладок загребут грабли по умолчанию.

пока нет поддержки xxkb в альтераторе, рано так делать
кому нужно, тот cp /usr/share/X11/$LANG/app-defaults/XXkb /etc/skel.$LANG/.xxkb
сделает...

Хм... Тогда логично выкинуть и проверку наличия /etc/X11/app-defaults/XXkb, т.
к. это файл с ещё более жёсткими настойками чем
/usr/share/X11/$LANG/app-defaults/XXkb (не вижу как он может учесть конкретную
локаль пользователя, кроме как только одну на всех).

igor@breeze ~ $ rpm -qf /usr/share/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb
app-defaults-0.2.8.4-alt1
igor@breeze ~ $ rpm -qf /etc/X11/app-defaults/Xxkb                   
ошибка: файл /etc/X11/app-defaults/Xxkb: Нет такого файла или каталога

чуствуете разницу?
/etc/X11/app-defaults/Xxkb может только положить сисадмин ручками.
который и xorg может настроить.
но
/etc/X11/$LANG/app-defaults/XXkb действительно стоит добавить
(не /usr/share/X11/$LANG/app-defaults/XXkb)

А что сейчас болие правильно: /etc/X11/$LANG/app-defaults/XXkb или
/usr/share/X11/$LANG/app-defaults/XXkb?

$ strace xxkb |& grep app-defaults   
access("/etc/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such
file or directory)
access("/etc/X11/ru/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or
directory)
access("/etc/X11/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or directory)
access("/etc/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such
file or directory)
access("/etc/X11/ru/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or
directory)
access("/etc/X11/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or directory)
access("/usr/share/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", R_OK) = 0
stat("/usr/share/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", {st_mode=S_IFREG|0644,
st_size=646, ...}) = 0
open("/usr/share/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", O_RDONLY) = 4
access("/etc/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such
file or directory)
access("/etc/X11/ru/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or
directory)
access("/etc/X11/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or directory)
access("/etc/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such
file or directory)
access("/etc/X11/ru/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or
directory)
access("/etc/X11/app-defaults/XXkb", R_OK) = -1 ENOENT (No such file or directory)
access("/usr/share/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", R_OK) = 0
stat("/usr/share/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", {st_mode=S_IFREG|0644,
st_size=646, ...}) = 0
open("/usr/share/X11/ru_RU.CP1251/app-defaults/XXkb", O_RDONLY) = 4

как видим, все правильно.
но в /etc выше приоритет, так как он руками ложатся.

OK, закрываю баг.

2 viy: а можно поинтересоваться происхождением пакета icewm-startup?  Мож общих
интересов найдётся ;-)

для себя писал, чтобы руками не настраивать
под всеми моими родными и близкими автозапуск

Для тогоже самого использую. :-)