При обновлении каталог /var/lib/squirrelmail/prefs получает группу apache. Соответственно если запущен apache2 - squirrelmal вылетает с ошибкой. Ошибка при открытии ../data/default_pref Ошибка при попытке создания файла параметров. /var/lib/squirrelmail/prefs/ требует права доступа для apache2 Свяжитесь с системным администратором.
Исправлено в squirrelmail-1.4.18-alt0.M40.1.src.rpm