https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=15034 И надо переложить в Branch, а то есть некоторые проблемы с dist-upgrade c Server 4.0 до Branch.
Это было во времена 4.1
Очевидно, слишком старый баг и исправляться для 4.1 не будет.