Прошу прощения, необходимо баг перевесить на основной пакет -
python-module-pygtk, сюда попал похоже из-за моей невнимательности.

А каким образом функция set_user_time связана с X11?
Да, и если deskbar-applet'а рабочего в Сизифе сейчас нет, то не будет хуже его
туда положить.

(In reply to comment #2)
> А каким образом функция set_user_time связана с X11?
> Да, и если deskbar-applet'а рабочего в Сизифе сейчас нет, то не будет хуже его
> туда положить.

Я конечно в питоне плохо разбираюсь, но помоему вот таким образом:

смотрим pygtk-%ver/gtk/gdk-base.defs

---грызь---
(define-method set_user_time
  (of-object "GdkWindow")
  (c-name "gdk_x11_window_set_user_time")
  (return-type "none")
  (parameters
    '("guint32" "timestamp")
  )
)

дальше смотрим
pygtk-%ver/gtk/gdk.override
#if defined(GDK_WINDOWING_X11)
#include <gdk/gdkx.h>
#elif defined(GDK_WINDOWING_WIN32)
#include <gdk/gdkwin32.h>
#endif

и собственно в gdk/gdkx.h определена 
void     gdk_x11_window_set_user_time     (GdkWindow   *window,
                                           guint32      timestamp);
на которую ссылается питоновский алиас set_user_time

Здесь вообще всё интересно... Когда я попытался использовать функцию
gdk_window_set_user_time в программе на C, то получил ошибку при линковке:

cc   gtk-dnd.o /usr/lib/libgtk-x11-2.0.so /usr/lib/libgdk-x11-2.0.so
/usr/lib/libatk-1.0.so /usr/lib/libgdk_pixbuf-2.0.so
/usr/lib/libpangocairo-1.0.so /usr/lib/libcairo.so /usr/lib/libpangoft2-1.0.so
/usr/lib/libfontconfig.so /usr/lib/libfreetype.so /usr/lib/libz.so
/usr/lib/libpango-1.0.so /usr/lib/libm.so /usr/lib/libgobject-2.0.so
/usr/lib/libgmodule-2.0.so /usr/lib/libdl.so /usr/lib/libglib-2.0.so   -o gtk-dnd
gtk-dnd.o: In function `main':
gtk-dnd.c:(.text+0x4f9): undefined reference to `gdk_window_set_user_time'
collect2: выполнение ld завершилось с кодом возврата 1
make: *** [gtk-dnd] Ошибка 1

Таким образом получается, что, несмотря на то, что в заголовках gdk эта функция
определена, в библиотеке её нет. Так что pygtk тут, похоже, не причём; надо
разбираться, почему в нашей gdk эта функция отсутствует.

(In reply to comment #4)

Хм, а если не сложно код в студию, как завершу перевод системы на 64бита, посмотрю.

#include <gtk/gtk.h>

int main (int argc, char **argv)
{
	GtkWidget *window;

	gtk_init(&argc, &argv);
	window = gtk_window_new(GTK_WINDOW_TOPLEVEL);
	gtk_widget_show(window)

	gtk_window_set_user_time(window->window, 12345);

	/* На всякий случай, вообще-то до этого места не доходит */
	gtk_main();
}

> 	gtk_window_set_user_time(window->window, 12345);
А может будет вернее gdk_x11_window_set_user_time(window->window, 12345);

Да, с C-шной функцией я ошибся... так что с gdk подозрения сняты. А с остальным,
по-моему, всё ясно: если нам нужен метод set_user_time, то в спеке нужно убрать
строчки:

# create our version of gdkconfig.h 
cp %_libdir/gtk-2.0/include/gdkconfig.h ./
%__subst "s|GDK_WINDOWING_X11|GDK_WINDOWING_DIRECTFB|g" gdkconfig.h

# disable direct X11 using in python module 
%__subst "s|-DGDK_TARGET_X11||g" ./configure

и

# don't like x11 symbols due directfb 
objdump -t %buildroot%python_sitelibdir/gtk-2.0/gtk/_gtk.so | grep -i x11 && exit 1

как собственно уже и говорилось. Вносимые в этих строках изменения как раз и
зарубают объявление метода set_user_time.

не моё

А зачем нужна эта функция в данном случае? Я про неё читаю
gdk_x11_window_set_user_time ()
Note that this property is automatically updated by GDK, so this function 
should only be used by applications which handle input events bypassing GDK.

Я готов добавить вместо неё пустышку.

Нет такого. Python2 EOL.

Вру, есть.

(Ответ для Grigory Ustinov на комментарий #13)
> Вру, есть.
Я разобрался со всеми его пользователями, но нас подвёл GIMP — в текущей версии он всё ещё на python2, а новая только в процессе выпуска. И все мы знаем, как редко там появляются новые пользователи.