mod_ssl устанавливает свой [beep] default vhost в [beep] /etc/httpd/addon- modules. Ни один нормальный человек, кроме полностью [beep], [beep] и [beep], там vhost искать не полезет, по наивности полагая, что названия директорий соответствуют их назначению, а не пожеланию левой ноги автора пакета и все vhosts из пакетов лежат в где-то в conf/vhosts*.
Не нервничай -- у нас, к сожалению, пока нет webserver/webapp policy, а перекладывать _эти_ конфиги слишком часто не хочется (уже один раз это делал в этом пакете -- на тестирование была угроблена не одна ночь). Это было сделано заметно ранее создания conf/vhosts.d/, только и всего.
Мне сейчас страшновато трогать mod_ssl и делать/проверять аккуратный перенос конфига -- кто-то мог туда всё своё и написать... :(
apparently wontfix
