grep @@SSLPort@@ `rpm -ql apache2-mod_ssl` пакет покалечен.
Неверно смержил ALT/apache2/apache2-alt-debian.conf.patchs... Исправленный apache2-2.2.9-alt2.src.rpm (см. http://git.altlinux.org/people/solo/packages/?p=apache2.git;a=commit;h=f809d7272455ff93ff9e7ab578bb1b6e90ce9fb3) ушёл в incoming/Sisyphus.