не создаётся файл ~/.lyx/languages, соотв., экспорт в LaTeX всегда производится в кодировке, совпадающей с текущей локалью. Что неприемлимо для некоторых стилей (например, rusthesis).
Такого файла давно нет (LyX 2.0)
Да, конечно. ТЕПЕРЬ, нет.