Cовпадают md5sum. В snort-inline+flexresp, соответственно, нет inline функциональности. Решение: в snort.spec все строки "-with-inline=yes" меняем на "--enable-inline=yes". и для порядка все строки "-with-inline=no" меняем на "--enable-inline=no".
Эту ошибку сначала желательно исправить в Sisyphus. (В сизифе и в бранче 4.1 одинаковые версии пакета: snort-2.4.5-alt2.1) Потом я смогу переложить в бранч 4.1.
В Сизиф ушел snort-2.4.5-alt4.src.rpm
Исправлено