conf/extra-available/Directory_html_default.conf: DirectoryIndex index Эта директива явно попала по ошибке, он не имеет смысла и ломает механизм настройки DirectoryIndex через содержимое DirectoryIndex_default.conf. Я ее удалил, что восстановило функциональность DirectoryIndex_default.conf. conf/extra-available/Directory_root_default.conf: Options FollowSymLinks -Indexes Эта директива использует неправильный синтаксис (указание опций с +/- и без них в пределах одной директивы Options запрещено) и приводит к некорректной работе всех последующих Options для вложенных директорий. Я убрал -Indexes, которые здесь бессмысленны, после чего проблемы с другими Options пропали.
Спасибо, принято.
Исправлено в apache2-2.2.9-alt11 (см. http://git.altlinux.org/people/solo/packages/?p=apache2.git;a=commit;h=06739cc61fc972da59b49923e310f3b95739defa). Пакет ушёл в incoming/Daedalus.