Отловлено при апгрейде MySQL-server-0:5.0.51-alt2.a.M40.1 -> MySQL-server-0:5.0.51-alt2.a.M40.2 (4.0->4.1), судя по словам Майка - наблюдается ещё с M24, так что вешаю на сизиф. При апгрейде в памяти, похоже, иногда оказываются два mysqld одновременно и пытаются работать с одной базой. Выглядит это так: http://dumpz.org/3813/ http://dumpz.org/3814/ В данном случае эта проблема привела к полному краху базы. Файлы сломанной базы могу предоставить, они сохранились. В логах больше ничего релевантного нет.
"В данном случае" -- это с InnoDB; на MyISAM настолько трагичных последствий не ловил ни разу.
Воспроизводится ли ошибка на новом MySQL-server из Sisyphus ? Там изменена схема останова MySQL-server, и такой проблемы наблюдаться не должно.
Воспроизвести сложно, так что пускай висит FIXED, пока не воспроизведётся (в надежде, что не воспроизведётся, конечно).