У меня стоят несколько версий ntop: ntop#3.3.8-alt2 ntop#3.3-alt3.1 Synaptic ругается, что есть две версии ntop, но почемуто до этого он позволили поставить две разные версии ntop. Видимо это бага зависимосте. Насколько я понимаю один пакет должен исключать другой.
Это "фича" RPM.
Удалите оба через rpm -e ntop --all-matches а потом поставьте ntop-3.3.8-alt3