Обновляюсь с 4.1 до 5.0 apt-get dist-upgrade после чего нет пропадают конфигурационные файлы в /etc/php/5.2.7/apache2-mod_php/php.d Помогает реинсталл
branch 5.0 официально не поддерживается. Предположительно, данная проблема исправлена в текущем Sisyphus.
для branch/5.0 исправления не будет