при использовании httpd2 пользователю apache2 не доступна папка /var/lib/squirrelmail/prefs Которая имеет группу apache. Смена группы на apache2 исправляет ситуацию. Предлагаю сделать 2 пакета для разных версий апачей.
Щас модно группу _webserver, см http://www.altlinux.org/WebPolicy
Сделал так как модно (группу _webserver)