В logcheck-1.2.68-alt1 для получения списка файлов правил, в /usr/sbin/logcheck, функция cleanrules, строка 218, осуществляется вызов run-parts вида: for rulefile in $(run-parts --list $dir); do В ALT Linux run-parts существенно отличается от Debian и выводить список файлов (--list) не умеет. Т.е., вызов 'run-parts --list $dir' возвращает пустую строку и выдаёт ошибку вида "basename: invalid option -- '-'" изнутри run-parts. Соответственно, logcheck загрузить правила фильтрации логов не может, и просто выдаёт полностью всё содержимое syslog. Как вариант, приведённую строку можно изменить на for rulefile in $(ls $dir/); do
Fixed in 1.2.68-alt2