Жил с phpmyadmin на 4.1, переключился на 5.0. Оттуда обновил phpmyadmin. При обновлении он мне снёс phpmyadmin-apache (даже не заметил :(( )
А наверное уже всё равно, раз branch 5.0 мёртв, на Сизифе не воспроизводится.