Переменные для хранения "количества байт в дублированных файлах" и в "выбранных файлах" имеют тип int. Если размер дубликатов больше 2G, то возникает переполнение. Не критично, но раздражает. Могу написать патч.
Пакет на @nobody Можете брать на git.altlinux.org и мейнтейнить его.