После удаления пакета наблюдаю изменения в /etc/, которые не попали в git.
Подробности не помешают. Не наблюдаю такого пока.
Хм.. вторая попытка не воспроизвела эту ошибку. Может быть race (хотя откуда ему там быть..) ?
А не #20038 ли это?