При обновлении glibc с glibc-core-2.5.1-alt4.i586.rpm до, например glibc-core-2.9.90-alt1 файл /etc/localtime перезаписывается тем, что находится в пакете. В итоге мы оказывается во временной зоне UTC. Чтобы вылечить, приходится делать rm -f /etc/localtime && service clock tzset
Нет, /etc/localtime упакован как %config(noreplace), так что он никак не может быть просто перезаписан.