Версия gpgme 1.2.0 собрана с Large File Support, так что всё линкуемое с libgpgme также должно быть собрано с этой опцией (точнее, должны передаваться опции `-D_FILE_OFFSET_BITS=64` и возможно `-DLARGEFILE_SOURCE=1`, см http://pyme.sourceforge.net/doc/gpgme/Largefile-Support-_0028LFS_0029.html), однако `gpgme-config --cflags` не возвращает нужных опций. По этой причине не собирается python-module-pyme с gpgme-1.2.0.
В ошибке компиляции так и написано "читайте эту доку и ставьте нужные флаги", но не потому, что "gpgme 1.2.0 собрана с Large File Support", а в зависимости от того, как собираемый софт собирается.